19世紀後半のこと。イタリアの国境に近いスイスの小さな村で少年ロミオは貧しくも幸福に暮らしていましたが、一家の畑を放火により失い父も怪我をしたため、自らを人買いに売りミラノへ煙突掃除夫としてやって来ました。煙突掃除の仕事は辛い上に、親方の家では家事の手伝いもさせられ、食事も満足に貰えません。親友アルフレドとの再会、"黒い兄弟"の結成、"狼団"との抗争、アンジェレッタとの別れ。ロミオは一歩一歩成長していきます…。

C.E.71、工学を専攻するコーディネイターの少年キラ・ヤマトはナチュラルの友人達に囲まれ、中立国オーブの資源衛星ヘリオポリスで平和に暮らしていた。 しかし中立のはずのヘリオポリスでは地球連合軍による新型MSの開発が秘密裏に行われており、その情報を掴んだプラントの国軍・ザフトによりヘリオポリスは強襲を受ける。 悲鳴と兵士や技術者たちの血が飛び交う中を逃げ惑い、思いがけずMS工場に辿り着いたキラは、ザフトの軍人となり新型MS強奪の命を受けたかつての親友アスラン・ザラと再会する。

ときは戦国時代。先祖代々、ヒラ忍者の家に生まれた乱太郎は、一流の忍者になってほしいという両親の期待を胸に、忍術学園に入学。そこには堺の豪商の息子・しんべヱや、戦で親を亡くしながらもたくましく生きるきり丸がいた。忍術学園の生徒は忍者のたまご、『忍たま』と呼ばれる。忍術学園には、ナゾの天才忍者だった学園長をはじめ、ユニークな先生や上級生、ちょっと手ごわい「くの一教室」の女の子たちや忍犬ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！乱太郎たち三人組は、授業も試験も失敗ばかり、いつもなぜかロクでもないことになってしまう。立派な忍者になるには、まだまだ遠い道のりだけど、忍たまの毎日は、あかるく・たのしく・ゆかい、なのだ！

ナナミは海洋学者の父親のスコットとその相棒のアルと三人で、海洋調査船ペペロンチーノ号に乗り伝説のヒカリクジラを探して世界中を駆け巡っている。メルビル財閥の娘シェリルやスコットのライバルであるGMCのルコント博士の息子トーマスもナナミたちの存在を知り、冒険を求めて船に乗り込んでくる。一方、大企業GMCもヒカリクジラを求めて調査を進めていた。航海を続けるナナミたちは、南極でとうとうヒカリクジラと遭遇するが、GMCに先に捕獲されてしまう。ナナミたちはヒカリクジラを助けるために奮闘し、やがて長い旅は終わりを迎えようとするのだった。

1986年、天才的な技術を持つ日本人脳外科医・Dr.テンマは、ハイネマン院長の娘エヴァと婚約し、ゆくゆくは外科部長から院長という出世コースを掴みかけていた。医師として漠然とした疑問を感じつつも、深く考えることなく手術を重ね、研究に打ち込んでいた。 そんなある日、西ドイツ（当時）・デュッセルドルフのアイスラー記念病院に、頭部を銃で撃たれた重傷の少年ヨハンが搬送されてくる。Dr.テンマは、院長の命令を無視してオペを担当し、ヨハンの命を救う。しかし、院内の政治力学によって、テンマの順風な状況は一変し、出世コースから転落する。そんな中、院長、外科部長らの殺害事件が発生。同時に、入院中だったヨハンと双子の妹が失踪する。 1995年、外科部長として職務に励んでいたテンマの前に、美しい青年に成長したヨハンが現れる。テンマの患者ユンケルスを目の前で何の躊躇もなく射殺し、過去の殺人を告白するヨハン。自らの責任を感じたテンマは、怪物ヨハンを射殺するために、ヨハンの双子の妹アンナに会おうとする。殺人犯の濡れ衣を着せられ、キレ者のルンゲ警部に目をつけられたテンマは、ドイツを逃亡しながらヨハンを追跡するのであった。