ゴジラシリーズ第25作。「ミレニアムシリーズ」第3作。平成ガメラシリーズの金子修介を監督に迎え、ゴジラを「太平洋戦争で亡くなった人々の怨念の集合体」という新解釈で描く。日本へ上陸したゴジラを防衛軍が撃退して半世紀が経とうとした頃、一隻の原子力潜水艦がグアム島沖で巨大な生物と遭遇し消息を絶つ。防衛軍はこれをゴジラであると推察、その出現を警戒する。その頃、日本各地で次々と怪事件が勃発、調査に向かった報道陣は謎の老人に遭遇し、“護国三聖獣”の存在を知らされる。ついにゴジラが日本に上陸。それに呼応するかのように聖獣たちも目を覚ますのであった。

スネ夫に新型のペットロボットを自慢されたのび太は、「ペットロボットが欲しい」とドラえもんに懇願する。ところがドラえもんは「君には僕と言うネコ型ロボットがいるじゃないか」とのび太を叱りつける。怒ったのび太は、腹いせに未来デパートにペットロボットを大量注文するが、送られてきたロボット達はのび太の言うことを聞かず暴れ出してしまう。 町中で騒動を巻き起こしたロボットたちは、ドラえもんによって全て返品されたものの、最後に少年型のロボット『ポコ』が残った。どうやら、そのロボットは地球の技術で作られたものではなく、現代に送られてくる途中で超空間内で紛れ込んでしまったものだという。ポコを元の世界に返してあげるため、ドラえもん達の冒険が再び始まった。 タイムマシンで時空の迷宮へと旅立ち、何とか目的の場所…『王国（キングダム）』に辿り着くドラえもん一行。その世界では、ロボットから感情を抜き取り人間の忠実な下僕へと変えてしまう「ロボット改造命令」が下されていた。少年ロボットであるポコは、ちょうど母親と共に追っ手のドロイド兵から逃げる途中だったのだ。捕まった母親を助けようと飛び出して行ったポコをのび太たちは追いかけるが、ドロイド兵達に見つかり、ドラえもんが拉致されてしまうのだった。

民間警備組織E.G.I.S.の一員として働く工藤ヒロユキは、タイガ、タイタス、フーマという3人のウルトラマンに変身する能力を持っていた。 数々の敵との戦いを経て、より深まっていたヒロユキとタイガたちの絆。しかし、そんなヒロユキはいま、何者かによって狙われていた。 そのことを知って、新世代(ニュージェネレーション)のウルトラマンたちが、ヒロユキを救うべく、続々と集結を果たす。 ヒカル、ショウ、大地、ガイ、リク、カツミ、イサミ――。さらに、タイガの父・ウルトラマンタロウも地球へとやって来た。 だが、タロウは息子・タイガに激しく襲いかかる。いったい、タロウになにが起こったのか?そしてタイガは父と戦えるのか! ? 今、ニュージェネレーションヒーローズが、巨大な闇の力に敢然と挑む!

　ホラー映画への出演が続く女優・原瀬京子はこの日、関わった者たちの悲惨な死や行方不明が後を絶たない“呪われた家”をレポートするテレビの特番にゲスト出演した。そしてその夜、フィアンセ・将志の車に乗り家路につく京子。だがその道中、彼の車は首都高速で猫を轢いてしまう。将志は猫の死体を処理せずに車を発進させるが、その時、車内には不気味な存在が紛れ込んでいた。その刹那、車は壁に激突して大破。将志は意識不明の重体に陥り、妊娠していた京子も重傷を負って流産してしまうのだった…。