映画「イノセンス」の舞台は、人々が電脳化され、声を出さずとも、コンピューター端末を打たなくとも、ネットワークを通じたデジタルコミュニケーションが可能になる一方、肉体の機械化も進み、人とサイボーグ、ロボットが共存する、2032年の世界。魂が希薄になった時代。決してそう遠くない近未来を舞台に物語の幕が開く。 主人公は、続発するテロ犯罪を取り締まる政府直属の機関・公安9課の刑事バトー。バトーは生きた人形（サイボーグ）である。腕も脚も、その身体のすべてが造り物。残されているのはわずかな脳と、一人の女性、素子（もとこ）の記憶だけ。 ある日、少女型のロボットが暴走を起こし、所有者を惨殺する事件が発生。「人間のために作られたはずのロボットがなぜ、人間を襲ったのか」。さっそくバトーは、相棒のトグサと共に捜査に向かう。電脳ネットワークを駆使して、自分の「脳」を攻撃する“謎のハッカー”の妨害に苦しみながら、バトーは事件の真相に近づいていく。

戦乱の時代。 明国の武装集団に追われる仔太郎という少年がいた。 逃げこんだ荒寺で仔太郎は、名を捨て刀を封印した不思議な浪人「名無し」と出会う。 赤池の領主と連携をとりながら仔太郎を追ってきた武装集団は、そこで名無しと対峙する。 仔太郎に隠された秘密はあまたの野心を触発し、名無しはのちの宿敵となる男、羅浪と巡り会う。 それぞれの思惑が一気に激流へと変化していく中、果たして仔太郎と名無しの運命は・・・

白熱の期末試験が終わり、夏休みの林間合宿を控えた雄英高校メンバー。デクとオールマイトは、ある人物からの招待を受け海外に浮かぶ巨大人工移動都市「Ｉ・アイランド」を訪れていた。世界中の科学研究者たちの英知が集まったまさにサイエンスハリウッドのような島で個性やヒーローアイテムの研究成果を展示した「Ｉ・エキスポ」が開催される中デクは“無個性”の少女・メリッサと出会う。メリッサに、かつて同じ“無個性”だった自分を重ねあわせるデク。その時、突如鉄壁のセキュリティを誇るアイランドの警備システムが敵（ヴィラン）にハッキングされ島内全ての人間が人質に獲られてしまう！いま、ヒーロー社会の構造を揺るがしかねない【ある計画】が発動する―！その鍵を握るは、平和の象徴(ナンバーワンヒーロー)・オールマイト。

永遠に生きることを宿命づけられた“キルドレ”と呼ばれる子どもたちが暮らす、もう一つの現代で、彼らは“ショーとしての戦争”で戦闘機に乗って戦っていた。戦うことで生を実感する日々を送る中、元エースパイロットの女性指揮官・草薙水素と基地に赴任してきたエースパイロット・函南優一が出会う。