神崎ひとみは、占いが趣味の高校一年の少女。ある日、憧れの先輩・天野が外国に行ってしまうと知った彼女は、100m走で自己ベストが出せたらファーストキスをお願いしますと告白。ところが、ゴール直前に天から降りてきた光の柱の中から竜と少年が出現。その戦闘に巻き込まれたひとみは、異世界に飛ばされてしまう。

「こんなに早起きするなんて、まーた好きな男ができたな？」 超なまいきな妹ぽっぷのツッコミにぐうの音も出ないまま学校へと向かう春風どれみ。魔法に憧れる自称「世界一不幸な美少女」！・・・「結局好きな先輩に告白できなかった・・・魔法が使えれば・・・」しょげかえったどれみがとぼとぼと知らず知らずの内に足を向けたのは、「マキハタヤマリカの魔法堂」という変わったお店。そこでどれみは、いかにも魔女、というような格好をしているその店の女主人マジョリカの正体を「もしかして・・・魔女？」と見破ってしまう。するとなんと、マジョリカは奇妙な魔女ガエルの姿になってしまった！魔女ガエルになってしまったマジョリカは、どれみに責任を取ってお前も魔女になれとせまる。魔女ガエルになった魔法使いは、正体を見破った者の魔法でしか元の姿に戻れないのだ。・・・ひょんなことから魔女見習いになった３人の少女、どれみ、はづき、あいこ。学校と「ＭＡＨＯ堂」というお店を舞台に、３人が一人前の魔女になるためのマジカルでミラクルな修行の毎日が続く・・・。

21世紀初頭の近未来（本編開始より22年前）、神奈川県の一部で突如、横浜を中心に自然現象ではあり得ない程の原因不明エネルギーを放出して大規模な隆起が発生し、半径約20kmから30km・高さ240メートル以上にも及ぶ「ロストグラウンド」と呼ばれる大地が誕生した。首都圏全域の機能が失われ、政治・経済も長期に渡る停滞を続けることになった。5年後、余力ができ復興した日本政府や国連からの援助によりロストグラウンドは復興するも、復興した市街の住人と崩壊地区の住人「インナー」という特殊な二層社会が形成される。 大隆起現象から8年（5.1chDVD-BOX付属ブックレットでは18年）後、ロストグラウンドは日本においての完全独立自治領連（むらじ）経済特別区域と認定される。その背景には、ロストグラウンド生まれの約2%の新生児に「アルター能力」という特殊能力を持つ者達が現れ始めたということがある。彼らは「アルター使い」や「ネイティブアルター」と呼ばれ、その中でも特に暴力や略奪を行う一部は「アルター犯罪者」と呼ばれるようになった。これに対して本土側はロストグラウンドにおける武装警察機関「HOLD」内に、アルター能力者による部隊「HOLY」を設立し、これに対応した。そんな中、ロストグラウンドの崩壊地区で生まれ育ったアルター使い・カズマは、HOLYに所属するアルター使い・劉鳳と出会う。

ときは戦国時代。先祖代々、ヒラ忍者の家に生まれた乱太郎は、一流の忍者になってほしいという両親の期待を胸に、忍術学園に入学。そこには堺の豪商の息子・しんべヱや、戦で親を亡くしながらもたくましく生きるきり丸がいた。忍術学園の生徒は忍者のたまご、『忍たま』と呼ばれる。忍術学園には、ナゾの天才忍者だった学園長をはじめ、ユニークな先生や上級生、ちょっと手ごわい「くの一教室」の女の子たちや忍犬ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！乱太郎たち三人組は、授業も試験も失敗ばかり、いつもなぜかロクでもないことになってしまう。立派な忍者になるには、まだまだ遠い道のりだけど、忍たまの毎日は、あかるく・たのしく・ゆかい、なのだ！

多彩な能力を持ったスーパーヒロイン「キューティーハニー」へと変身できる女子高生の如月ハニー。ある時はスチュワーデス、またある時はミュージシャンに変化して、さまざまな場所で大活躍！怪人たちにさらわれた父を助けるため、悪を倒して行く。

海賊王を夢見る少年モンキー・D・ルフィを主人公とする、「ひとつなぎの大秘宝（ワンピース）」を巡る海洋冒険ロマン。