真珠湾攻撃、ミッドウェイ海戦、そして終戦……。その他、太平洋戦争で起こった数々の歴史的出来事の裏には、そこに関わる人々による多くの「決断」のときがあった。

マルコのお母さんは、貧しい人たちの病院を経営するお父さんを経済的に助けようと、イタリアからアルゼンチンへと出稼ぎに行きました。一年後、病気になったという手紙が来てから連絡が途絶えてしまったので、マルコはお父さんを説得して一人でアルゼンチンまで旅にでます。ペッピーノ一座や旅先で知り合った人に助けられながら、マルコは多くの苦難を乗り越えていきます…。

翔とあずさが書庫で見つけた不思議な本は旧約聖書の世界へと通じる“タイムブック” だった。主人公の目を通して人類創世にまつわるエピソードを子どもにも分かりやすく解説する聖書シリーズ第1作。

二十世紀、人間とモンスターと呼ばれる者達との大きな戦争があった。 想像を絶する激しい戦いの末、勝ったのはモンスターの方だった… 時は流れて、人々の記憶からはそんな事など忘れ去れてしまった新世紀。 少年、ボッカは自分の選んだ道を覚悟して旅立つ…

幼い頃から傭兵として各地の戦場を転々とする生活を送るガッツはグリフィス率いる鷹の団に入団。切り込み隊隊長として、百年戦争での鷹の団の武勲の数々を支えていた。グリフィスを始めかけがえのない仲間を得、剣士としても百人斬りを成し遂げるほどに成長したガッツ。しかしガッツは、ただ闇雲に剣を振ってきただけの自分の人生に問いを投げかけるようになる。そしてグリフィスがシャルロット王女に投げかけたある言葉をきっかけに、自分の生きる道を自らの手で見出す決意を固める。

[位相差空間ゲート]によって短時間で惑星間を航行できるようになり宇宙時代を迎えていた未来の太陽系。賞金の掛かった犯罪者を追って宇宙を飛び回る、通称”カウボーイ”と呼ばれる賞金稼ぎが生業のスパイクとジェットは元マフィアと元警官。記憶喪失の上に莫大な借金を背負っている謎の女フェイ、野生児のような天才ハッカーのエド、人間並みの知能を持つデータ犬アインが加わって4人と1匹が惑星間航行船ビバップ号で奇妙な共同生活を送ることになる。

1986年、天才的な技術を持つ日本人脳外科医・Dr.テンマは、ハイネマン院長の娘エヴァと婚約し、ゆくゆくは外科部長から院長という出世コースを掴みかけていた。医師として漠然とした疑問を感じつつも、深く考えることなく手術を重ね、研究に打ち込んでいた。 そんなある日、西ドイツ（当時）・デュッセルドルフのアイスラー記念病院に、頭部を銃で撃たれた重傷の少年ヨハンが搬送されてくる。Dr.テンマは、院長の命令を無視してオペを担当し、ヨハンの命を救う。しかし、院内の政治力学によって、テンマの順風な状況は一変し、出世コースから転落する。そんな中、院長、外科部長らの殺害事件が発生。同時に、入院中だったヨハンと双子の妹が失踪する。 1995年、外科部長として職務に励んでいたテンマの前に、美しい青年に成長したヨハンが現れる。テンマの患者ユンケルスを目の前で何の躊躇もなく射殺し、過去の殺人を告白するヨハン。自らの責任を感じたテンマは、怪物ヨハンを射殺するために、ヨハンの双子の妹アンナに会おうとする。殺人犯の濡れ衣を着せられ、キレ者のルンゲ警部に目をつけられたテンマは、ドイツを逃亡しながらヨハンを追跡するのであった。

その日、俺の人生を狂わせた戦争は終結した。 しかし、それは新たな戦いの始まりにすぎなかった…。 アストラギウス銀河の2大勢力、ギルガメスとバララントによる百年戦争の過程で開発されたAT（装甲騎兵）は、消耗激しい最前線に投入される大量生産兵器に過ぎず、ATに乗る兵士たちは最下層の存在であるとの皮肉が、ボトムズという俗称には込められている。主人公のキリコも、そんなボトムズ乗りのひとり。百年戦争の末期、キリコは目的も定かではないある作戦に参加させられるが、そこはなんと味方のアステロイド基地。キリコは作戦中、青い燭光に包まれたカプセルのなかに全裸の女性が収容されているのを発見する。それが「素体（パーフェクト・ソルジャー）」と呼ばれる軍事機密だったことから、キリコは軍やかつての上官から追われる身となり、地獄のような逃走と放浪の日々が始まるのだった！

キノはどうして旅を続けているの？ ――ボクはね、たまに自分がどうしようもない、愚かで矮小な奴ではないか？ものすごく汚い人間ではないか？なぜだかよく分からないけど、そう感じる時があるんだ。 ……でもそんな時は必ず、それ以外のもの、例えば世界とか、他の人間の生き方とかが、全て美しく、素敵なものの様に感じるんだ。とても、愛しく思えるんだよ……。 ボクは、それらをもっともっと知りたくて、そのために旅をしている様な気がする。

高校生の柾木天地は祖父が宮司を務める柾木神社に封印されていた女宇宙海賊、魎呼を解放してしまう。魎呼は天地にベタ惚れし、柾木家に居座ることに。更に、惑星樹雷の皇女、阿重霞と砂沙美、ギャラクシーポリスの美星たちも加わり、奇妙な同居生活が始まる。