はるか昔、賢帝歴三千四十八年、景光が魔物と契約してから20年後。とある街の酒場で、踊り子に化けた魔物と戦う青年・百鬼丸を目撃したコソ泥・どろろ。百鬼丸は身体の四十八カ所を魔物に奪われており、その欠けた箇所を義肢で補っていた。通りすがりの琵琶法師から百鬼丸の身の上話を聞いたどろろは、その左腕に仕込まれた魔物を爆発蒸散させることのできる妖刀に興味を持ち、つきまとうようになる。初めは鬱陶しがっていた百鬼丸だが、時を重ねていくうちにしだいに心を開き、共に魔物を倒し、元の身体を取り戻すための旅をする。 旅をしていく中で深まる二人の絆と、次々と明らかになってゆく百鬼丸の過去。どろろの両親の仇、醍醐景光とは何者か。何故百鬼丸は身体の四十八カ所を奪われたのか、百鬼丸の本当の両親は誰なのか。その謎が明かされたとき、物語は大きく動き出す。 父の野望のため身体を奪われし者、そして時の権力に両親を奪われし者、失われた身体と心を取り戻すための二人の旅は続く。

かつて、全宇宙で凶悪犯罪の限りを尽くした宇宙犯罪組織マクー。伝説の宇宙刑事ギャバンによって首領ドン・ホラーが倒され壊滅したが、残党は今でもドンの復活を目論み、暗躍しているという。 地球にある宇宙物理学研究開発機構「SARD（サード）」がマクー残党の襲撃に遭う。SARDに務める女性・河井衣月も襲われるが。そこに銀色のコンバットスーツに身を包んだ戦士が登場。敵を撃退し変身を解除した戦士の顔を見て衣月は驚く。彼は1年前にスペースシャトルの遭難事故で生死不明となっていた幼なじみ・十文字撃だったのだ。撃はシャトルから謎の人物によって救助後、バード星に運ばれ、いろいろあって宇宙刑事に成るための訓練を積んでいたが、演習中に地球の危機を知り駆けつけたのだ。 まだ正式な宇宙刑事では無い撃だったが銀河連邦警察・コム長官を説得しパートナー・シェリーとマクー残党の陰謀調査を開始。しかし残党リーダー・漆黒騎士ブライトンの猛攻に倒れ、衣月をも連れ去られてしまう。 心が折れかかる撃だったが「ある男」の叱咤により復活。マクーが作りだした危険な異世界・魔空空間へと向かう決意を固める。目指すはマクーのアジト・魔空城。そこに衣月も囚われの身となっているはずだ。撃は叫ぶ。「蒸着！」と。かつての「伝説」は今「不滅」になる。ここに、正義の銀の魂を継いだ宇宙刑事・ギャバンが復活したのだ。

女子高生と殺人請負人、2つの顔を持つ美少女・砂羽。表と裏の世界を巧みに使い分ける大人たちの淫靡な呪縛から逃れられず、泥沼の世界に生きる砂羽が唯一心を許せる存在は、同じ世界に生きる謎の少年・音不利のみだった。2人は互いに同じ性分を感じながら惹かれ合うが、ある日を境に砂羽は組織との決別に走った音不利の始末を命じられ、彼へ銃口を向けることとなる。儚いと知りながらも愛情を育むか、それとも殺し屋の掟を優先するか。やがて、物語は冷酷なクライマックスを迎える。砂羽はすべてを終わらせると、どこへともなく去っていった。

仮面の反逆者「ゼロ」として反ブリタニア勢力「黒の騎士団」を率いるルルーシュ。親友のスザクはブリタニア第3皇女ユーフェミアの騎士に任命され、それぞれの立場で力をつけていく2人だったが、ユーフェミアがエリア11副総督として行政特区「日本」の発足を発表し、大きな転機が訪れる。行政特区日本が実現すれば黒の騎士団の存在意義が失われてしまうことから、ルルーシュはユーフェミアとの面会を試みるが・・・。

魔女との戦いで傷ついていく仲間たちの姿に心を痛めるまどか。キュゥべえは、途方もないポテンシャルを秘めたまどかなら並外れた魔法少女になれると契約をうながすが、まどかはまだ心を決められずにいた。一方、同じ魔法少女ながら、ある理由でキュゥべえを敵視し、まどかの契約を妨げるほむらは、自身が契約とひきかえに望んだ心からの願いに想いをはせる。そんな中、最強の魔女《ワルプルギスの夜》が姿を現わそうとしていた。