ネットワークの発達した近未来…… 裏電脳世界で邪悪な電脳生命体「ネビュラグレイ」が動き出す。 ある日、非物質化現象という「現実世界が消滅する」奇々怪々な事件が世界各地で発生。 これを食い止めるために父・光祐一朗に命じられ、 大手IT企業トリニティ・ブレイン社にあるヒカリタダシプログラムを破壊するためサイバーワールド最深部へと向かう熱斗とロックマン。 しかし破壊には失敗し非物質化現象は加速。熱斗の目の前で友人や多くの人々がその非物質化現象の犠牲となってしまう。 衝撃を受ける熱斗にさらなる事件が追い討ちをかけるように かつて熱斗とロックマンが倒したはずの悪の科学者・Dr.リーガルが突如現れ、祐一朗を何処かへと連れ去ってしまう。 愕然となる熱斗の前にネットセイバー仲間である炎山とライカの二人が協力を申し出、 南海の孤島にある20年前に閉鎖されたアメロッパの軍事基地でネビュラグレイとの最終決戦を繰り広げる。

ある夜、橋の上で決闘を申し込まれた桂。体よくあしらおうとした瞬間、鮮血の中で桂が倒れた。 辻斬りによる被害が多発しているかぶき町。そんなある日、エリザベスが万事屋を訪ね、事の顛末と桂があの夜以来行方不明である事を話し、桂の探索と辻斬りについて一緒に調べてもらう様に依頼する。 一方で銀時はエリザベスの当面の依頼を神楽と新八に任せ、元から依頼されていた村田鉄矢・鉄子兄妹の下へ向かう。彼らの依頼は「盗まれた名刀・紅桜を取り返してほしい」。 村田兄妹の依頼を遂行する銀時と桂を探索する神楽・新八・エリザベス、二つの事案が複雑に絡み合い、遂に辻斬りの正体にまでたどり着く。そこには意外な人物がいた。

月が地球に接近し、このままでは崩壊した月がいん石となり、残骸が落ちてくるという最悪の事態を迎えることに。調査を任されたナルトやサクラ、シカマル、サイ、ヒナタは、呪印が刻まれた地底空間にたどり着き、ある計画を知る、そんな中、大筒木カグヤの子孫であるトネリが現れ、ヒナタがトネリの手に落ちてしまい……。

三島一八率いるGコーポレーションから、中国拳法の達人で女子高生のリン・シャオユウに、ある仕事の依頼がくる。京都の学校へ潜入し、神谷真という男を調べるミッションを受けたシャオユウだったがうまくいかず、そうこうするうちに真が何者かに誘拐されてしまう。シャオユウはさらに真を追おうとするが、三島財閥の陰謀に阻まれる。

抜け忍ムカデ追跡任務を受け、砂隠れの廃墟・楼蘭へと向かったナルト。追い詰められたムカデは、廃墟に眠る龍脈の力を解放し、ナルトは過去の世界へ飛ばされてしまう!突如襲来する謎の傀儡集団!!そのときナルトを救ったのは、若き日の四代目火影・波風ミナトだった。

謎の忍者集団の奇襲を受けた木の葉隠れの里。立ち上がったナルトたち一行の前に現れたのは、木の葉チームメイトの一員だったサスケだった。一族を裏切った兄、イタチへの復讐（ふくしゅう）を誓ってから、木の葉隠れの里を後にしていたサスケ。かつての親友だった2人だが、闘いの火ぶたは切って落とされる。