宇宙世紀0093年。先のグリプス戦役以降消息不明だった、元ジオン公国軍エース・パイロットで、ジオン共和国創始者ジオン・ズム・ダイクンの息子であるシャア・アズナブル（キャスバル・レム・ダイクン）は、幾多の戦いを経ても旧態依然として地球から宇宙移民を統制し続ける地球連邦政府に対し、ネオ・ジオンを率いて反乱の狼煙を上げる。ネオ･ジオンは小惑星5thルナを地球連邦政府があるチベットのラサに衝突させようとする。かつてのシャアの宿敵アムロ・レイらが所属する連邦軍の外郭部隊ロンド・ベルの奮闘も空しく、5thルナ落下を阻止することはかなわなかった。 ネオ・ジオンはアデナウアー・パラヤを始めとする地球政府高官と密かに裏取引を行い、スペースコロニー・ロンデニオンにて停戦交渉に合意する。停戦に安堵する地球連邦の思惑と裏腹に、シャアは取引によって得た小惑星アクシズを地球に衝突させるべく再び作戦を開始した。 合意が偽りであることを察していたロンド・ベルは核ミサイルを準備、やがてネオ・ジオンとの間で戦端が開かれる。アムロは自ら開発に加わった新型モビルスーツ・ν（ニュー）ガンダムを駆り、アクシズを目指す。一方、アクシズを内部から爆破して軌道を逸らすロンド・ベルの作戦は成功するかに見えたが、アクシズの一部は既に地球の引力に捉われていた。巨大な岩塊が地球に落下しようとする中、アムロとシャアの最後の一騎打ちが始まる。

ある日、東京湾に輸送機が墜落する。その後湾岸の各所で何者かによってレイバーが襲撃される事件が連続して発生。警視庁城南署の刑事、久住と秦は各所で聞き込み捜査を進め、墜落事件の後に巨大なハゼが釣れていた事、墜落した輸送機の貨物コンテナに不審な点があることなどの奇妙で不審な点を突き止める。 その後、6月8日の雨の夜に若者の集うディスコクラブ「バビロン」で車に乗ったカップルの惨殺死体が発見される。時を同じくして近隣にあるバビロン工区の水上コンテナ備蓄基地で突如警報が作動し、停電と共に内部の職員と連絡がとれなくなる、という事態が発生。 近くを走行中のパトカー（城南4）に偶然乗っていた久住と秦は、警備員の通報を受けパトカーに乗る警官らと共に現場に急行。施設内部へと分け入る。しかし、そこで彼らが遭遇したのは廃棄物13号（WXIII）と名付けられた異形の怪物だった。

二万年前に人間と妖精の協力によって封じ込めた暴魔百族が、暴魔獣ジャシンボーマと共に蘇った。ジャシンボーマを倒すには、妖精シーロンの命を引き換えにしなくてはならない。ターボレンジャーは力を合わせて戦いに挑む。

日向小次郎、若島津健、立花兄弟といった、大空翼のライバルたちが全日本少年選抜としてチームを組み、初めての海外遠征。対戦チームは、ヨーロッパ選抜。先制点をあげるものの、個人技に偏った全日本は、皇帝と呼ばれるシュナイダーを中心にまとまったヨーロッパ選抜に苦戦。あきらめムードが漂った後半、翼の「ボールはどこでも同じ」という言葉をきっかけに、全日本は翼&岬のゴールデンコンビ+日向&沢田+松山&小田のトリプルコンビを中心に反撃にうつる。

前回不覚の敗戦を喫したヨーロッパ選抜が雪辱を期して日本にやってきた。だがむかえうつ全日本選抜は、岬が行方不明、三杉は心臓病で出場時間が限られ、日向は飛騨山中奥深く入り込み、若林は資格問題で出場が認められず、大半の主力選手を欠いた状態だった。さらに試合中も、シュナイダーの強力なシュートで、GK若島津、森崎が連続負傷。絶体絶命のピンチの中、新技イーグルショットを携え日向がフィールドに帰ってきた!