神奈川高校、入学式当日。体格は小さいが負けん気は人一倍の初心者・祇園がラグビー部に入部し、物語は動き出す。過去のある出来事からラグビーに打ち込めない同級生・石清水、面倒見がよく部員を気遣う副キャプテン・八王子、そして、圧倒的迫力と誰よりも熱い闘志を胸に秘めたキャプテン・赤山。体格も個性もバラバラなメンバーが、青春というグラウンドでぶつかり合いながら成長して行く。すべて出し切った先にある、最高の舞台を目指して―！

マフィアの支配する街エルガストルムで宅配から殺し、護衛に人探しまで何でも請け負う“便利屋”を生業にするウォリックとニコラス。2人は警察やマフィアからも一目置かれ、どの組織にも所属しない中立な存在として様々な依頼を引き受けてきた。ある日、警察から舞い込んだ依頼で、1人の娼婦と出会う。閉ざされたこの街でしか生きられない健常者（ノーマル）達と『黄昏種（トワイライツ）』と呼ばれる超人的な能力を持つ者達。つながり続ける、過去と現在。重なり合う、使命と運命。――2人と1人が出会った時、街の混沌は加速する。

今日から中学一年生。学校中、いや世界中の巨人を駆逐してやる！そんな夢と希望を胸に入学式の朝を迎えたエレンはさっそく寝坊してしまう。幼馴染のミカサに起こされ、遅刻ギリギリに家を飛び出すエレンは通学路を爆走するなか、サシャ、ジャン、コニーといった他の小学校出身者たちと出会う。「ここが進撃中学校か」エレンたちが見上げる先にはそびえ立つ巨大な壁と校門。ここをくぐれば入学式が待っている。しかし、エレンは知らなかった。この進撃中学校は人間と巨人が共に通う人巨共学の学校だということを！果たしてエレンは巨人を駆逐することができるのか？！？

繁栄を築き上げた人類は、突如出現した巨人により滅亡の淵に立たされた。生き残った人類は巨大な三重の城壁の内側に生活圏を確保することで辛うじてその命脈を保っていた。城壁による平和を得てから約100年後。いつしか人類は巨人の脅威を忘れかけていた。