孤高の宇宙海賊にして、宇宙一の賞金首コブラとライブ・メタルの体を持つ美しき相棒アーマロイド・レディ。固く強い絆で結ばれた二人は、どのようにして出逢ったのか。20年前の過去の世界を舞台に、顔を変える前の若きコブラ、そしてアーマロイドとなる前のレディを交えて、時空を超えた壮大な冒険の物語が幕を開ける!

花咲つぼみは花や植物が大好きな中学2年生の女の子。ある日、つぼみは不思議な夢を見た。大きな木に咲く美しい花。だが、たちまち全ての花が落ちてしまう。そしてそこから妖精が飛び立っていく……。それから数日後。明堂学園へ転校したつぼみの前に、なんと夢で見た妖精が現れた！妖精はつぼみに、伝説の戦士プリキュアになって、“こころの大樹”を守って！みんなの“こころの花”を咲かせて！｣と頼む。自分にそんなことはムリと断るつぼみ。だが、突然謎の敵が襲ってきて、新しいクラスメート・来海えりかの“こころの花”を奪ってしまう。えりかの心を救うには、プリキュアになって戦うしかない！つぼみは勇気を出してプリキュアに変身する！

舞台は2010年夏の秋葉原。厨二病から抜け出せない大学生である岡部倫太郎は、「未来ガジェット研究所」を立ち上げ、用途不明の発明品を日々生み出していた。 だが、ある日、偶然にも過去へとメールが送れる「タイムマシン」を作り出す。 世紀の発明と興奮を抑えきれずに、興味本位で過去への干渉を繰り返す。 その結果、世界を巻き込む大きな悲劇が、岡部たちに訪れることになるのだが… 悲劇を回避するために、岡部の孤独な戦いが始まる。果たして彼は、運命を乗り越えることができるのか！？

核災害後の近未来。母を救いたい心優しき少年は、闇の勢力が迫るなか、大切な友だちの"デーモン"と呼ばれる小さな生物とともに、日本横断の旅にでる。

　舞台は総人口230万人弱、東京西部の大部分を占める巨大な都市。その都市は、人口の約8割が学生ということから、「学園都市」と呼ばれていた。 　学園都市の生徒たちは、超能力を発現させるための特殊なカリキュラムに組み込まれ、発現した能力によって、「無能力者（レベル0）」から「超能力者（レベル5）」までの6段階で査定されていた。 　主人公“上条当麻”（かみじょうとうま）は、学園都市の高校生だが、その評価は落第寸前のレベル0。なぜなら彼の右手には、異能の力ならなんでも打ち消す「幻想殺し（イマジンブレイカー）と呼ばれる能力が宿っていたからだ。そして彼はその能力のせいで常に不幸な人生を送っていた。 　しかし、そんな日常に突如変化が訪れる。夏休みに入ったばかりの日、彼の部屋に、純白の修道服を着たシスターがいきなり空から降ってきたのだ！　呆然とする“当麻”に向かって、“禁書目録（インデックス）”と名乗る少女――どう考えても偽名にしか思えない少女――は、「自分は10万3000冊の魔道書を記憶しており、そのせいで魔術師に狙われている」などとオカルト発言を連発。いぶかしむ“当麻”だったが、その日の夕方、彼の前にその“魔術師”が姿を現す。 　突然の展開に戸惑う“当麻”に、その魔術師は「魔女狩りの王（イノケンティウス）」を作り出して攻撃を繰り出してくる！　やむなく“当麻”は、“インデックス”を守るべく異能を打ち消す力を持つ右手を握り、立ち向かうが……。

ひょんなことから新隊員としてタイムパトロールに加わることになった凡。先輩隊員のリームとともに歴史をさかのぼりながら、不幸な死に方をした人を救うという任務を遂行していく。

高校一年の終わり、双葉は初恋の人だった田中洸と運命の再会を果たす。洸は中学時代に転校、忽然といなくなってしまったのだ。三年ぶりに双葉の前に現れた洸だが、苗字が変わり、性格もクールな少年となっていた。空白となっていた三年間、洸に何があったのか。恋、家族、友情。忘れられない時間に込められた二人の恋が、再び動き始める。