捜査一課の取調べ専門チーム「緊急事案対応取調班＝通称・キントリ」。可視化された「取調室」という密室の戦場で、“言葉の銃撃戦”を繰り広げ、一筋縄ではいかない被疑者をマル裸にしていく—。 超大型台風が連続発生し、国家を揺るがす非常事態の最中、内閣総理大臣・長内洋次郎（市川猿之助）は、災害対策会議に10分遅れて到着する。さらに、その「空白の10分」を糾弾する暴漢・森下弘道（佐々木蔵之介）が現れ、総理大臣襲撃事件が発生する—。 警視庁は、森下の起こしたテロ事件を早急に解決するため、キントリの緊急招集を決定。真壁有希子（天海祐希）らキントリチームは取調べを開始するが、森下は犯行動機を語らないどころか、取調室に総理大臣を連れて来い！と無謀な要求を繰り返す。森下の取調べが行き詰まる中、長内総理に“ある疑惑”が浮かび上がる。 「総理を取調べたいんです。」有希子は真相解明のために総理大臣を事情聴取すべく動き出すが…。 熟練のチームワークと緊迫の心理戦。キントリは全てを懸けて、前代未聞の取調べ…内閣総理大臣との最後の闘いに挑む。

神山飛羽真＝仮面ライダーセイバーをはじめとする剣士たちが、その命を懸けて世界を救ってから、８年の月日が流れた。飛羽真は、親友・間宮や担当編集者・須藤芽依の手も借りながら、かつて剣士たちの戦いに巻き込まれて親を亡くした少年・陸とともに暮らしていた。彼は陸の父親代わりになろうとしていたのだが、陸の心の傷は癒えず、11歳になったいまも、笑顔を見せることはなかった。一方、翻訳家となった富加宮賢人は、立花結菜という女性との結婚を控え、充実した日々を送っていた。 だが、そのころ、剣士たちをめぐって、奇妙な出来事が起こり始める。聖剣の持ち主たちがひとり、またひとりと消えてしまったのだ。事件の謎を究明すべく行動を開始した新堂倫太郎の前に突如として現れた、仮面ライダーファルシオン　アメイジングセイレーン。変身を解いた篠崎真二郎は、自分こそが倫太郎の父だと名乗った。動揺する倫太郎。さらに賢人もファルシオンに遭遇し、学校から帰ってこない陸を探していた飛羽真までもが、ファルシオンに襲われる。 アメイジングセイレーンワンダーライドブックに秘められた、恐るべき力とは？ 時を経て、飛羽真たちを待ち受けていたのは、最大にして最後の苦難だった……！

誰も近寄ることの許されない“アガスティアベース ”には、 S 級の禁書があった。仮面ライダーの書、もう一つはスーパー戦隊の書。その本たちが、禁書を守る番人の裏切りによって封印を解かれてしまう。 新しい本の執筆に悩む神山飛羽真（仮面ライダーセイバー）は、ユーリ（光の剣士）の薦めで、ある本を渡される。そのタイトルは“機界戦隊ゼンカイジャー”。本を開くとあたりが光に包まれ、目を開けるとそこは、人間と機械が共存する、なんと本に書かれていた“ゼンカイジャー”の世界だった。 同じ頃、五色田介人（ゼンカイザー）の身にも同じことが起こり、辿り着いた先で倫太郎（仮面ライダーブレイズ）と出会う。しかも、現実世界と本の世界とが混ざり合っておかしな状況になっていた。 世界を元に戻すべく、飛羽真は介人と互いに協力し、この異常事態に対処するため、歴代の仮面ライダー、スーパー戦隊の力も借り、2大ヒーローたちは集結する。 なぜ世界の境界線がなくなってしまったのか。集まることが仕組まれたものとして、悪い予感を募らせる 大ヒーローたち。自分たちの存在そのものを揺るがしかねない、裏で手を引く大きな陰謀。そして、鍵を握る謎の少年との出会い。総力を結集し、己の存在を賭けて、唯一無二の、本物のスーパーヒーローになれ！！

2021年、ディアブロスタンプに封印されていた悪魔・ディアブロが蘇り、完全体となって世界を支配した結果、50年後の2071年では悪魔たちが上空のデビルシティに住み、その下界で生き残った人類たちもすでに悪魔の奴隷となり果てていた。 「親子ハッピーウィーク」を開いていたしあわせ湯で五十嵐一輝 / 仮面ライダーリバイは、しあわせ湯を訪れていた客である百瀬秀夫が落とした古い切符の入ったパスケースを彼に届ける。そんな時、2071年の世界から百瀬龍之介という男が2021年の世界にやってくる。龍之介は秀夫に憑依して仮面ライダーセンチュリーに変身し、龍之介を追って現れたディアブロを倒そうとするが暴走し、ディアブロと交戦していたリバイとバイス / 仮面ライダーバイスを襲う。そこに現れた神山飛羽真 / 仮面ライダーセイバーと新堂倫太郎 / 仮面ライダーブレイズの協力を得てセンチュリーを変身解除させる。実は、龍之介は秀夫の父であり、完全体となる前のディアブロを倒すために精神体となって2021年の世界にやってきたという。 一輝、バイス、飛羽真は、龍之介と力を合わせ、悪魔が支配する世界の到来を回避しようとする。

テレビシリーズ最終回から1年。玲花に神代家と並ぶソードオブロゴスの名家、御手洗るいとの縁談の話がやってきた。凌牙は玲花の幸せを願い、剣を捨ててお見合いをしろと命じる。兄のためにお見合いに向かう玲花だが、わざと品のない食ベ方をして、るいに嫌われようとする。だがそんな玲花の本心をるいは見抜き、自分も最初は縁談に乗り気ではなかったが、世界の秩序を守る為に戦った自分の志と似ている玲花だったから受けたと告げ、プロポーズをする───。玲花結婚が決まり、これでよかったのかと日々悩む凌牙。そして挙式まで残り1週間と迫ったある日、緋道蓮から凌牙に１本の電話が入る───。

破滅の本に封印されていた不死身の剣士バハト / 仮面ライダーファルシオンが出現し、破滅の本によって現実世界とワンダーワールドの両方の消滅を目論む。 神山飛羽真 / 仮面ライダーセイバーたち6人の剣士はファルシオンと破滅の本から出現した魔物の群れに挑む。