北海道･夕張。豊かな自然に囲まれたこの街こそ暗黒結社ゴルゴムが新たな計画のターゲットとして選び出した街だった。彼らはここに、ゴルゴム帝国都市を建設し世界支配の一大拠点を築こうと企んでいた。計画は世紀王シャドームーンのもと着々と進行していたが、都市計画の専門家･牧野博士が脱走。その牧野を救ったことから光太郎は、夕張の異変を察知する。ゴルゴムは都市建設のかたわらでかつて倒された怪人たちを次々と蘇らせていたのだ。光太郎の目の前に世紀王シャドームーンがゆっくりと姿を現す。シャドームーンはキングストーンフラッシュで亡霊世界を作り出し、十体の亡霊怪人を繰り出してＢＬＡＣＫを攻撃する！

彦根藩井伊家の上屋敷に津雲半四郎と名乗る浪人が現れ「切腹のためお庭拝借」と申し出た。生活に困窮した浪人が「切腹する」と言っては、庭や玄関を汚されたくない人々から金品を巻き上げることが流行っており、家老の斎藤勘解由は数ヶ月前にやってきた千々岩求女という浪人の話を始めた。家老が切腹の場を設けてやると言い出すと、求女は狼狽したあげく、竹光で腹を切った上に舌を噛んで絶命した、と。話を聞いた半四郎は、求女は自分の娘婿であることを告げた。

仏師の与作は師匠を雪女に殺されるが、口外しないことを条件に命だけは助かる。師匠の代わりに国分寺の本尊を彫る事になった与作は、ゆきと知り合い夫婦になる。与作は、ゆきに横恋慕した地頭の嫌がらせで窮地に立たされるが、雪の尽力で助かる。

昭和二十五年に起った天銀堂殺人事件の容疑者、元子爵椿英輔は忌わしい嫌疑を恥辱としてか信州で自殺をとげたが、夫人[火禾]子は今尚英輔の幻影に悩まされていた。令嬢美彌子の頼みで名探偵金田一耕助は一夜椿邸で行われた目賀博士の砂占いに列席した。集った人達は[火禾]子、美彌子、目賀博士の他、[火禾]子の叔父玉虫元伯爵と妾菊江、[火禾]子の兄新宮利彦と妻はな、道楽息子の一彦、椿家執事木下善四郎、書生三島東太郎などであったが、博士の占い通りその夜玉虫伯爵は何者かに殺害された。耕助は英輔の日記の空白を手がかりに神戸に赴き、以前英輔が別邸の管理人植辰の妹お駒を尋ねる目的があった事を調べ上げる。お駒も既に殺害されていたが、お駒の養子宗二郎が失踪している事と、妙光院の痣とり地蔵尊の裏面に彫られた文字から秘密を嗅ぎ出し、急拠東京へ引返す。しかし椿邸では新宮利彦が殺されていた。居並ぶ人々の前で三島青年が動揺しているのを見届けた耕助は逮捕状を携えて再度椿邸の門を潜るが、一同は鎌倉の別邸に行った後だった。その頃鎌倉では新宮利彦と[火禾]子の間に兄妹姦淫の子として生れた三島青年実は宗二郎が、目賀博士と[火禾]子に詰めよっていた。驚いた[火禾]子は青酸カリの盛られた鎮静剤を飲んで一瞬にして絶命。直後到着した耕助は一同の前で始めて事件の顛末を発表した。－－今から二十数年前、[火禾]子は兄利彦に犯されて一児を生み落し、叔父玉虫伯爵はその子を宗二郎と名付け植辰の妹お駒に預けたが、椿家財産横領を企む目賀博士は宗二郎が幼年で死んだ後、植辰と謀ってその子治雄の片腕に火焔太鼓の痣を彫りつけて宗二郎に仕立て上げ、椿家乱倫の実状を明かして復讐を誓わせたのである。かくて真相を知らぬ治雄を三島東太郎の仮名で椿家の書生に送りこんだ目賀博士は英輔に[火禾]子の行状を告げて自殺に追い込み、その亡霊の恐怖を利用して玉虫伯爵、利彦、お駒、[火禾]子と次々に殺害したのである。鋭い耕助の推理と植辰の証言に、目賀博士は拳銃を取って乱射するが、耕助の反撃に挫け、遂に警官に捕われた。...

風祭真は父の大門が働く生化学研究所、ＩＳＳ社で生体実験の被験者として生活を送っていたが、連続殺人事件の全てを記憶しており苦悩していた。ＩＳＳ社の鬼塚が変身し殺人を繰り返し、そのデータを真の体に適用し、真の体は知らぬ間に改造兵士（レベル３）になっていたのである。ＩＳＳ社は所長氷室の指揮のもと、改造兵士の開発を企んでおり、真の肉体と精神は、鬼塚の改造実験には最適だったのだ。一方、セーラ・深町率いるＣＩＡは改造兵士開発を阻止するため鬼塚を襲う。炎の中で身もだえする鬼塚に呼応して、ついに真が変身する。氷室の腹心、豪島もレベル２の兵士として真の前に立ちはだかる。改造兵士同士の激しい戦いが、ＩＳＳ社の中で繰り広げられていく。一方、ＩＳＳ社の明日香愛は真の子を身ごもっており・・・

会津若松で育ち、東京の大学に通う岩垣が久々に帰省し、４人の友人と再会した。しかし、現在の立場や環境を異にする彼らには、既にそれぞれの人生の苦悩があり…。

今をときめく流行作家の望月王仁は、心臓を短刃で一突き、一糸まとわぬ裸体で殺されていた。事件が起こったのはN県きっての富豪、歌川多門の豪邸、昭和22年の夏、敗戦による混乱の最中であった。王仁の死体が発見された7時間後に、警察の一行が到着する。それは歌川家が人里はなれた山中にあったからである。事件が起きたとき、歌川家には女中含めて29人にも及ぶ男女がいた。作家、文学者、詩人、劇作家、女優、画家、として素人探偵など錚々たる面々。いずれ劣らぬ変人、奇人ぞろいである。愛欲、名声への嫉妬、近親相姦的愛情などが入り乱れた異様な空気の中、探偵の推理をあざ笑うかのごとく最初の殺しを含めて八つの殺人事件が起こる。この「不連続殺人事件」に秘められた恐るべきトリックとは何か...。

昔の恋人がエイズの陽性だったことから、自分のエイズ感染を知った圭子。自殺未遂の果てにようやく恋人に感染の事実を打ち明けるも、彼はその事実を受け止めることができず、圭子のもとを去ってしまう。そんななか、圭子が妊娠していることがわかり…。