あの終末の谷の激闘から約二年半――。 自来也との修業の旅を終えて久し振りに里に戻ったナルトを待っていたのは、医療忍者として頼もしく成長したサクラと相変わらずのカカシ。そして成長を遂げたかつての仲間達だった。しかし再会の喜びもつかの間、木ノ葉に衝撃の報せが入る。砂隠れの風影となった我愛羅が“暁”に連れ去られたのだ！ 動き出した“暁”の目的は全ての尾獣を狩ること。 同じ苦しみをもつ人柱力として我愛羅の身を案じ、憤るナルトは綱手の命のもとサクラ、カカシと共に三人一組を結成！ 我愛羅救出の任に赴く。 圧倒的な力をもつ“暁”との対決の行方は！？ そして大蛇丸転生の準備が整いつつあるサスケの運命は！？ ナルトの戦いが新たなる風を巻き起こす！

『絶対、火影になってやるんだってばよ！！』 木ノ葉の里の落ちこぼれ忍者、うずまきナルトの夢はいつか里一番の忍者「火影」の名を受け継ぐ事。その身に封印された尾獣「九尾の妖狐」ゆえに孤独な過去を背負ったナルトだが、サスケとサクラという仲間を得、上忍カカシ率いる第七班の一員として任務をスタートさせた!!

夜の墓場で「小山田まん太」が出会った少年、「麻倉葉」。森羅学園に転校生としてやって来た彼は「あの世とこの世を結ぶ者」すなわち「シャーマン」だった。600年前のサムライの霊「阿弥陀丸」と運命的な出会いを通して「麻倉葉」は「シャーマンの王:シャーマンキング」になるための資質を開花させていく。そして宿命のライバル「道蓮」をはじめ、「世を浄化するシャーマンの王」を目指す様々なライバルたちの登場。巨大な2つの彗星が夜空を駆け、世界中のシャーマン達にシャーマンキングの座を巡る闘いの始まりを告げる。そして今、運命の歯車が回りはじめる。

ジェイムズ・リンクス、49歳。地球と火星の間を飛ぶ地球人の運び屋である。彼はある日、名指しである荷物の移送を依頼される。それは意志を持つ女性型オービタルフレームのドロレスだった。しかし、エンダー号に乗り込んできた検閲官に紛れていた謎の刺客に襲われ、ジェイムズはドロレスに乗って戦うハメになってしまう。無実の罪である検閲官殺しの汚名を着せられ、地球中で手配犯になってしまう。