季節は過ぎ、もうすぐ二度目の春―。劣等生の兄と、優等生の妹。ふたりの魔法科高校での生活は、その一学年目を終えようとしていた。達也、そして深雪たちは春休みを利用して、小笠原諸島のとある別荘へと休暇に訪れていた。束の間の休息に羽根を伸ばす達也たち。しかし、そんな達也たちの前にひとりの少女“九亜”が現れる。海軍基地から脱走してきたその少女は達也にひとつの願いを告げる―。

みんなのスイーツをひとりで食べてしまったジャッキー。 おにいちゃんたちに怒られて、とびだした先で出会ったのは 見習いパティシエの女の子、ミンディでした。 スイーツが大好きなジャッキーは、ミンディのおばあちゃんが パティシエをやっているスイーツ屋さん、「スイーツランド」で ミンディといっしょにパティシエの修行をすることに。 しかし、この「スイーツランド」を 村の村長が乗っ取ろうと企んでいて・・・

中学生の天童純は、父を7年前に亡くし京都で母と2人暮らしをしている。ある日、純は学校帰りに突然現れた謎の魔物に追いかけられる。純は古寺に迷い込み、僧侶・源雲に助けられる。しかし、純はそのまま時空を超えて平安の都に連れて行かれる。平安の世界で純は貴族から「鬼」と呼ばれる者たちが様々な妖術で自然を操り都の安寧を脅かしているという話を聞く。その戦いに終止符を打つためには、封印されたオロチを目覚めさせる伝説の選ばれし救いの御子が必要であり、それが純だと告げられる。

山中でキャンプを満喫していた動物戦隊ジュウオウジャーの前に5人の色とりどりの忍者が現れた。その忍者は、かつて牙鬼軍団と戦った手裏剣戦隊ニンニンジャーの初期メンバーだった。ニンニンジャーは、ジュウオウジャーを妖怪呼ばわりし、攻撃を仕掛ける。ジュウオウジャーも変身し、応戦する。 激突する風切大和 / ジュウオウイーグルと伊賀崎天晴 / アカニンジャーの前に天晴の息子を名乗る一人の少年、伊賀崎快晴と出会う。 ニンニンジャーは、ルンルンという異生物に寄り添っており、ルンルンに「正義のフリをして、自分の一族を殺したジュウオウジャーを倒して欲しい」と頼まれていた。天晴以外のニンニンジャーは、ジュウオウジャーを倒すために門藤操/ジュウオウザワールドを捕まえ、囮にしようとする。同じ頃、ニンニンジャーに苛立ちを募らすジューマンのみのジュウオウジャーは、偶然出会ったキンジ・タキガワ/スターニンジャーを捕まえる。

「ダッセェな、クソオヤジ。」親の忍道、子知らず―。長きに渡る戦争を経て高度成長を遂げた新時代。七代目火影・うずまきナルトが統治する木ノ葉隠れの里を中心に、新たな忍を育てる「中忍選抜試験」が5つの里合同で開催されようとしていた。里の手練場で修業に明け暮れる三人一組の下忍たち。サスケの娘にしてナルトに憧れを抱くサラダ、多くの謎を持つ超優秀な忍ミツキ、そして才能を持ちながらもナルトをクソオヤジ呼ばわりするボルト。ボルトは、多忙が故に家族と過ごす時間すらないナルトを「親なんて初めからいない方がいい」と寂しさゆえに忌み嫌うようになってしまっていたのだ。「弟子にしてくれ！倒したいヤツがいるんだ！」ある夜、異空間での任務にあたっていたサスケが、妙な危険が迫っている事を知らせにナルトの元に訪れる。互いの子世代の忍の事を話すナルトとサスケ。そんな中、サスケの事を「ナルト唯一のライバル」とサラダから聞き憧れていたボルトは、父親の弱点を知ろうと弟子入りを願う。友の状況を悟ったサスケは“ある条件”付きで師匠となることを約束。ボルトはナルトに実力を見せつけるために、サラダ、ミツキと共に中忍選抜試験への出願を決めた。知能勝負の一次試験、チームワーク勝負の二次試験と難関を突破していくボルトたち。三次試験の個人戦コロシアムでは、各里の長である五影が見守る中、ついにシカマルの息子であるシカダイとも激突！父の背中―。超えるべき存在―。その時、空間が捻じ曲がるほどの大爆発が！禍々しい雰囲気を纏い現れたモモシキとキンシキと名乗る二人組は、両手に宿した輪廻眼を操りナルトの命を執拗に狙う。何もできず立ちすくむボルトを護るサスケ。それを背に立ち塞がったナルトは、モモシキが放った術と共に消えてしまった。ボルトへ微笑みを残して―。父親が歩んできた道、そしてその想いを初めて知ったボルト。その小さな姿にかつてのナルトを見たサスケ、そして五影とともにボルトは敵うハズのない敵が待つ異空間へ、決死の覚悟で挑む！