幼馴染のユキ(大原優乃)を救うために自らも夜行となった玲矢(佐藤海音)。自分の身に起こる変化に戸惑いながらも夜行の少年のバンド404 not foundのメンバー慎一郎(西田至)達と出会い衝突しながらバンドの中に自分の存在価値を模索してゆく。
しかし改めて人を襲いその血を飲まなければ生きていけない夜行の現実を突きつけられ、自分に絶望した玲矢は謎の覆面集団のリーダー黒瀬(大東立樹)に「殺してくれ」と懇願する。「生きるのを諦めないで」と励ますユキ。その背中に刻まれたタトゥーを見て玲矢の中で遠い過去の記憶がよみがえる。とある予備校では、講師の隆介(大谷亮平)が生徒の質問に気さくに答えていた。その頃、夜行狩りのリーダー黒瀬のもとに、あるメッセージが届く。
「まずは新入りから狙います」