世界を滅ぼすドラゴンが求めるのは―― つがいとなる「Dの少女」。 25年前、突如現れたドラゴンと総称される怪物たちにより、世界は一変した――。やがて人間の中に、ドラゴンの力を持った“D”と呼ばれる異能の少女たちが生まれる。世界で唯一の男の“D”である少年・物部悠は、“D”の少女たちが集まる学園・ミッドガルに強制的に送り込まれた。偶然、学園生の少女イリスの裸を見てしまい、さらに生き別れの妹・深月と再会した悠は、この学園に入学することになり……!? 落ちこぼれの少女と、最強の暗殺者になるはずだった少年が、世界を脅かす7体のドラゴンに挑む――！