警察庁副長官・川瀬 (大林丈史) がライフルで狙撃され、衆議院議員・尾崎 (浜田晃) が誘拐された。犯人は48時間以内に尾崎を処刑するとの声明文を出している。刻々と時間が過ぎていくなか懸命の捜査が進むのだが、ついに第三の誘拐が起こってしまう。刑事の 丹原 (香川照之)、林田 (水嶋ヒロ) が人質のいる場所と思われるビルに急いで向かうのだが、2人が突入したビルが爆破されてしまう。そして、林田は意識不明の重態になってしまうのだった…。懸命に犯人を調べれば調べるほど犯人の罠にかかってしまう九十九は、何もやらないことが最善の策だと科警研のスタッフに話し、和音 (綾瀬はるか) からも失望される。しかし、九十九 (木村拓哉) は丹原と捜査を進める。丹原、林田が疑っていた尾崎の息子・紳一郎 (鈴木一真) のラインから警視庁・組織対策四課の 武井 (市川海老蔵) の影が見えてきた。尾崎処刑までの時間が迫るなか、九十九と武井、北里 (上川隆也) との攻防戦がクライマックスに！九十九は、最大のトラップに立ち向かうのだが事態は思わぬ方向に !! そして、そこから九十九の出した決断は !?