私利私欲のために権力を求める“サッチョウ（＝警察庁）の悪魔”・千堂大善（椎名桔平）に、警視庁のトップである警視総監の座を渡すわけにはいかない――。悪魔に魂を売ってまでも…“本来あるべき警察の姿”を取り戻すため、副総監にまで上り詰めた千堂と戦う覚悟を決めた上條漣（玉木宏）。彼は「薩摩穏健派」派閥に所属する現・内閣情報官の権藤秀夫（吉田鋼太郎）を後見人に据え、同期の新垣広海（馬場徹）や馳道忠（渡辺大知）ら、計13名の同志と共に新派閥「改革派」を旗揚げ。千堂の怒りを買った漣は捜査二課の課長から、古巣である捜査共助課の課長へ…事実上の降格処分を受ける。一方、千堂自身も厳しい状況下にあった。次期警視総監の選出会議まで、残り1週間足らず…。漣が国会議員の汚職を暴いたことを受け、警視総監の任命権を有する内閣府特命担当大臣・若槻有造（浜田晃）との関係が悪化した千堂は、今や背水の陣だった。とはいえ、簡単に白旗を上げる千堂ではない。そんな中、漣の幼馴染でもある捜査一課主任・水樹爽（広末涼子）は、漣が新派閥を立ち上げた真意に“ある疑問”を抱くことに。かたや、漣の妻で、千堂の娘でもある優愛（仲里依紗）は、漣の日記を盗み見してしまい…！？その矢先、若槻が街頭演説中、何者かに狙撃される事件が発生してしまう！漣は千堂が仕組んだ事件だとにらむが、狙撃犯を特定する手がかり自体が皆無の状態…。すると、現在「千堂派」と警視庁内の勢力を二分する「東大派」のトップで、警視総監の座を長年狙い続ける警備局長・吉永晴樹（光石研）が、漣に接近。狙撃犯を特定する重要な情報を提供し…！吉永の情報をもとに、千堂が黒幕であることを証明しようとする漣。だが、そこには触れることは禁忌とされてきた“警視庁の黒歴史”が潜んでいた――。